公元前490年9月，希腊人与波斯国王大流士一世（公元前522–前486年在位）入侵军队在马拉松平原展开战斗，这场胜利在民间传说中被视为希腊城邦向世界展现勇气与卓越、赢得自由的关键时刻。尽管实际上这场战役仅暂时延缓了波斯帝国的扩张野心，后续仍爆发了更大规模的战争，但马拉松战役却是强大的波斯阿契美尼德帝国首次被证明并非不可战胜。此后，这场战役在希腊的艺术——包括文学、雕塑、建筑和陶器——中被反复描绘，成为古希腊历史上一个至关重要的转折点。
波斯帝国
在大流士一世统治时期，波斯已开始向欧洲大陆扩张，并于公元前5世纪初征服了爱奥尼亚、色雷斯和马其顿。接下来，大流士国王的目标便是雅典以及希腊其余地区。然而，波斯为何觊觎希腊，原因尚不明确。财富与资源似乎并非主要动机；更合理的推测包括：为提升国王在国内的威望，或彻底平息帝国西部边境上一群潜在叛乱国家的威胁。此前的爱奥尼亚叛乱、公元前508年象征性地向波斯总督献上泥土与水表示臣服，以及公元前499年雅典与埃雷特里亚对萨第斯城发动的袭击，这些事件也并未被波斯人遗忘。
无论具体动机为何，在公元前 491 年，大流士再次派遣使节要求希腊人服从波斯统治。希腊人则以强硬的态度予以回应，他们处决了这些使节，并且雅典和斯巴达承诺结成联盟来保卫希腊。大流士对这一外交上的挑衅的回应是派遣一支由 600 艘船和 25000 名士兵组成的海军部队，对基克拉泽斯群岛和埃布埃岛发动攻击，这让波斯人距离整个希腊本土仅一步之遥。然而，在公元前 490 年，当由雅典领导的希腊军队在马拉松平原集结起来，准备保卫自己的国家免受外族统治时，入侵者将会遭遇他们的对手。
波斯军队
波斯军队的总体指挥权掌握在达提斯手中，因为大流士并未亲自指挥此次入侵行动。副指挥官是大流士的侄子阿塔菲尼斯，他或许率领了波斯的骑兵部队。波斯军队的总兵力尚不清楚，但从船只的数量来看，可能有约 9 万人。实际参战人员的数量可能是两个巴瓦里巴姆部队，即约 2 万至 2.5 万人。其中大部分是弓箭手，或许还有另外 2000 人的精锐骑兵部队。波斯军队实际上来自帝国各地的各个城邦，但波斯人和萨卡人被认为是战斗力最强的部队。
希腊军队
希腊军队的指挥官要么是雅典的执政官卡利马科斯（也写作卡利马库斯），要么是米特里达斯，后者曾在后者对斯基泰人的战役中为大流士作战，因而掌握了宝贵的波斯作战情报。帕拉伊亚特人中有 1000 人由阿里米内斯特斯指挥，而雅典人则派出约 9000 名重装步兵参战。整个军队的规模估计在 10000 至 20000 人之间，但实际人数可能更接近较低的数字。
重甲兵对阵弓箭手
这两支敌对的军队实际上代表了两种不同的古典战争方式——波斯人倾向于使用弓箭手进行远程攻击，随后再以骑兵冲锋作为后续行动；而希腊式的战争则更侧重于装备重型盔甲的重步兵，他们以一种密集排列的阵型——称为“方阵”——作战，每人携带厚重的圆形青铜盾牌，并在近距离使用长矛和剑进行战斗。波斯步兵携带的是轻便的（通常是长方形的）柳条盾（斯帕拉），并配备有长匕首或弯曲剑（科皮斯）、短矛和复合弓。通常情况下，那些携带盾牌（斯帕巴巴里）的人形成防御屏障，而弓箭手则从后面射出箭矢。波斯军队还包括几个由 1000 人组成的精锐部队（哈扎尔巴姆），这些精锐步兵（阿里斯塔巴拉）装备有轻便的盔甲，通常穿着一件长袍（可能带有青铜鳞片或一些人的皮革胸甲）、色彩斑斓的长裤、靴子和柔软的头巾。
波斯骑兵的装备与步兵相同，配备有弓箭以及另外两支用于投掷和刺击的长矛。骑兵通常在主力部队的侧翼行动，用于清理在遭受弓箭手连续射击后陷入混乱的敌方步兵。尽管波斯军队迅速向敌人发射大量箭矢的战术一定是一幅壮观的景象，但箭的轻质意味着它们对身披青铜盔甲的重装步兵基本上毫无作用。在近距离作战中，方阵中较长的长矛、更重的剑、更好的盔甲以及严格的纪律意味着希腊重装步兵将占据所有优势，但波斯军队能够投入更多兵力，而且他们的名声也是令人畏惧的。
摆开阵势
波斯军队首先在埃夫狄亚北部的卡雷斯托斯登陆，随后又在埃雷特里亚登陆（该地位于埃夫狄亚北部）。他们洗劫了这两个城市后，于 9 月 1 日和 2 日渡过海峡，抵达马拉松湾的东端。马拉松之所以被波斯人选作登陆点，是因为这里为骑兵部队提供了理想的地形；实际上，“马拉松”这个名字可能就源于这片肥沃平原上依然生长着的野生茴香（marathos）。此外，该地附近还有一个湖泊，为士兵和马匹提供了充足的水源。该地点的优势或许是皮斯提拉图斯在约公元前 546 年选择在此登陆的原因，当时他正准备以僭主的身份在雅典建立政权。于是，在基诺苏拉半岛的庇护下，波斯人在此扎营。
当希腊人发现入侵地点时，雅典的将领们之间曾有过一些讨论，是选择撤离还是迎战入侵者，但最终决定迎战，并于 9 月 3 日或 4 日抵达马拉松，在海湾西端的赫拉克勒斯神庙附近扎营，不久之后，普拉塔人也加入了他们。斯巴达人被誉为希腊最优秀的战士，但他们不幸因参与神圣的卡内亚节而未能及时集结部队，而且很可能还因米塞尼亚人的当地叛乱而分心。实际上，斯巴达人错过了这场战斗一天的时间。
关于这场战役的细节，与公元前5世纪早期的大多数战役一样，古代文献记载既粗略又相互矛盾。不过，据载在9月11日那天，希腊人在海湾中央摆开阵线，而波斯人当时只登载了一半步兵。希腊人组成八列纵深的战阵，为与波斯人阵线等长而拉长己方队形，并将中央方阵减薄至四列纵深。普拉提亚人列于右翼，雅典人则占据中央和左翼。波斯军和萨卡伊人的精锐部队由中央指挥，纵深可能多达十列。这是波斯人的惯用战术，因此希腊方阵在中央的减薄，或许是米太亚得或卡利马科斯有意为之，意在让两翼在波斯人突入中央时对其形成合围。另一方面，希腊人也不能把正面缩得比波斯人更窄，否则波斯人就能从两翼包抄到希腊阵线后方，使方阵完全暴露在攻击之下，毫无防护可言。攻守双方的两条战线绵延1500米之长，此时彼此相距仅1500米。
决战
波斯骑兵在战斗现场神秘地消失了，而古代文献和现代历史学家对此却无法达成一致意见。这可能是因为达提斯无法有效地利用这些骑兵，因为平原上散布着零星的树木；也可能是他实际上已将他们（或计划派遣他们）与其他部队一起派往雅典，要么是为了趁希腊人在马拉松战役期间发动进攻而占领这座城市，要么可能是他们的缺席是故意引诱希腊军队在斯巴达人到来之前展开战斗。
不过最终，双方的步兵都投入了战斗。两军相互逼近，而希腊人或许在最后的 400 米路程中处于劣势，同时无疑还受到波斯弓箭手的攻击，两军就这样发生了冲突。随后便是一场漫长而血腥的战斗，最终波斯军队的中部（或许在意料之中）将实力削弱的希腊中部军队击退。然而，希腊军队的右翼和左翼却占据了上风，将波斯军队击退。于是防线被打破，一片混乱的局面随之而来。波斯军队在左右两侧都溃败了，纷纷逃回他们的船只，但要到达那些船只他们必须穿过一片宽阔的沼泽地带。在混乱的撤退中，希腊两翼合围到了中央，攻击了波斯军队的中部，并追击着逃窜的波斯侧翼，造成了大量伤亡。激烈的战斗在波斯船只周围继续进行，正是在这场战斗中卡利马科斯阵亡了。希腊人俘获了敌方的七艘船只，但其余的舰队则带着任何成功爬上船的波斯人逃走了。
希腊人取得了重大胜利。据传说，有 6400 名波斯人丧生，而希腊方面仅有 192 人阵亡。前一个数字较为准确，但后者很可能是为了宣传目的而严重低估了伤亡人数。尽管如此，波斯人并未就此罢休，因为达提斯此时率领舰队驶向苏尼翁角，企图趁希腊军队外出之时袭击雅典。希腊人或许是从彭泰利科斯山上的叛徒发出的盾牌信号中得知了这一情况的，而这个信号或许被不公平地归功于阿尔克梅翁迪亚家族。尽管希腊军队疲惫不堪，但他们还是被迫以两倍的速度返回雅典以保卫这座城市。他们当天晚上抵达时，似乎足以让停泊在法拉罗附近的波斯人望而却步，舰队也撤回了亚洲。此时，2000 名斯巴达人终于抵达，但他们并非胜利的必要条件，因为胜利已经完全实现。
战后余波
回到马拉松遗址，死者会被火化并安葬在原地（这是一个不同寻常的步骤，而那座墓冢至今仍清晰可见），并且还会竖立起一座纪念柱状奖杯（其碎片如今存放在马拉松考古博物馆中）。人们会向神明献祭以表达感谢，比如向阿瑞忒亚格罗特拉神献上 500 头山羊，此后每年都会在该地举行献祭仪式，这一仪式持续了另外 400 年。雅典人还在他们的卫城上竖立起伊丽丝（或尼科）的柱子和雕像，以纪念卡利马科斯，表彰他在胜利中的作用以及他在战争中获得的战利品，并将雕像和战利品献给了德尔斐的大圣所。这场胜利也在希腊雕塑中得到了纪念，著名的雕塑家菲迪亚斯创作了一件位于德尔斐的青铜群像，其中包括阿波罗、阿瑞忒亚和米尔蒂亚德斯，以及位于雅典卫城上的巨大的青铜雅典娜雕像。在雅典还建造了一座阿瑞斯·尤克莱亚神庙，这场战役也是位于雅典卫城的阿尼西娜神庙南侧雕塑的主题，大约在公元前 425 至 400 年之间。
这场胜利极大地鼓舞了希腊人的士气，围绕九月发生的事件，各种传说层出不穷。诸如神话中的雅典英雄忒修斯在战斗中显灵、以及牧神潘的介入等故事，都成为解释希腊人何以能击败强大的波斯军队的佐证。此后，参加过此战的老兵们还在盾牌上刻上“马拉松公牛”（源自赫拉克勒斯神话）的徽记，以此自豪地宣示自己参与了这场伟大的胜利。
然而，尽管希腊人为胜利而欣喜若狂，波斯的野心却并未因马拉松的败绩而受挫。不出十年，国王薛西斯便继承其先王大流士的遗志，于公元前480年集结起一支庞大的入侵大军，此次改经温泉关进犯希腊。公元前480年8月，由斯巴达国王列奥尼达率领的一支希腊小部队在温泉关坚守了三天；与此同时，希腊舰队在阿耳忒弥西翁海战中成功抵御了波斯人。这些战斗共同为希腊赢得了宝贵时间，为后续的胜利奠定了基础——先是公元前480年9月的萨拉米斯海战，希腊舰队将波斯人诱入浅水水域并大败之；再是公元前479年8月的普拉提亚战役，希腊人派出了有史以来规模最大的重装步兵部队，最终赢得胜利，为希腊的波斯战争画上了句号。
马拉松长跑比赛
关于马拉松，还有一个最终流传至今的传奇故事，出自希罗多德的记载：一名名叫斐迪庇第斯的长跑信使（即“持信奔跑者”），在战前被派往斯巴达求援。他从雅典出发，一路跑到斯巴达，全程共240公里（这一壮举于公元1983年由一位运动员重现）。后来的文献，最早可追溯至公元1世纪的普鲁塔克，将这个传说与战后另一名信使的故事混为一谈——那名信使从马拉松跑回雅典，既报告胜利，又警告波斯舰队即将进犯雅典。无论如何，正是源于这第二个传说，在1896年首届现代奥林匹克运动会复兴时，设立了一项赛跑项目，其距离与马拉松至雅典之间的42公里相当，旨在纪念古希腊的体育理想和古代奥林匹亚运动会。恰如其分的是，第一届马拉松赛跑的冠军由希腊人斯皮里东·路易斯夺得。
