A rápida expansão da Espanha na América do Sul seguiu-se à consolidação das suas bases nas Caraíbas em 1512, marcando uma mudança decisiva da exploração para a conquista imperial. Sob o reinado de Fernando II de Aragão (reinou 1479–1516) e, posteriormente, de Carlos I de Espanha (reinou 1516–1556; Imperador do Sacro Império Romano-Germânico Carlos V, reinou 1519–1556), a Coroa espanhola autorizou expedições motivadas pela busca de metais preciosos, pela evangelização cristã e pela rivalidade dinástica com outras potências europeias. No espaço de uma geração, empreendimentos militares — muitas vezes de pequena dimensão, mas estrategicamente oportunistas — derrubaram grandes entidades políticas indígenas, remodelando a autoridade política em todo o continente. A conquista desenrolou-se de forma desigual, moldada por alianças locais, epidemias, divisões internas nos impérios nativos e pela integração de novos territórios no sistema imperial transatlântico da Espanha.
Francisco Pizarro (cerca de 1471–1541) liderou a queda do Estado Inca entre 1532 e 1533, durante o reinado de Carlos I, estabelecendo o controlo espanhol no coração da região andina. Campanhas subsequentes de Diego de Almagro (cerca de 1475–1538) e Pedro de Valdivia (cerca de 1497–1553) alargaram a autoridade espanhola sobre o Chile, enquanto Sebastián de Belalcázar (cerca de 1480–1551) consolidou o domínio no atual Equador e na Colômbia. As expedições de exploração de Francisco de Orellana (1511–1546), que navegou o rio Amazonas em 1541–1542, e mais tarde os empreendimentos associados a Pedro de Ursúa (1526–1561), expandiram o conhecimento geográfico do interior. Em meados do século XVI, estas campanhas originaram o Vice-Reino do Peru (estabelecido em 1542) e lançaram as bases administrativas e económicas do império sul-americano de Espanha, integrando a região nas redes de comércio global centradas na extração da prata e no comércio atlântico.
