Tokugawa Iemitsu (1604–1651) governou o Japão como o terceiro xóguna do período Edo. Implementou uma série de políticas importantes que não só consolidaram o domínio da sua família sobre o poder, como também causaram um grande impacto na sociedade japonesa ao longo de vários séculos. Estas incluíram a formalização do sistema sankin kōtai, que obrigava os daimyo (poderoso senhor feudal) a passar anos alternados em Edo e no seu próprio território, e os éditos de exclusão, que restringiam o contacto entre o Japão e os países estrangeiros.

Iemitsu era o filho mais velho de Tokugawa Hidetada, o segundo xóguna do clã Tokugawa, e neto de Tokugawa Ieyasu, o fundador do xogunato Tokugawa. Hidetada governou como xóguna de 1605 até 1623, altura em que abdicou a favor de Iemitsu. Até à sua morte em 1632, Hidetada continuou a exercer uma forte influência sobre o governo, pelo que não é claro quais as políticas deste período que tiveram origem em Hidetada e quais em Iemitsu. Após a morte do pai, Iemitsu agiu rapidamente para consolidar o seu domínio sobre o poder. Uma das suas primeiras ações foi acusar o seu irmão mais novo, Tadanaga, de loucura, privando-o das suas terras e forçando-o a cometer seppuku. Julgado pelos padrões atuais, este foi um ato extremamente brutal, contudo, na época, este tipo de comportamento era comum. Iemitsu recorreu igualmente a várias manobras políticas para garantir que outros ramos da família Tokugawa não pudessem interferir no seu governo.

Iemitsu nasceu em 1604 e, ao contrário do seu pai e do seu avô, não tinha experiência em primeira mão no campo de batalha. O seu grande feito, contudo, foi pôr em prática um conjunto de políticas que consolidaram o controlo da sua família sobre o Japão. Através da sua vitória na Batalha de Sekigahara, em 1600, Ieyasu estabeleceu os Tokugawa como a família guerreira mais poderosa do Japão. Em 1603, fundou um «governo guerreiro», que em japonês se chama bakufu (literalmente, um «governo de tenda»). Os Tokugawa controlavam cerca de 30% das terras do Japão, enquanto o restante do território se encontrava nas mãos de outras famílias guerreiras chamadas daimyo, que se dividiam entre aqueles que tinham sido aliados dos Tokugawa antes da Batalha de Sekigahara (fudai daimyo) e aqueles que só se tinham submetido após o confronto (tozama daimyo). As terras controladas por uma família daimyo eram designadas por han, variando consideravelmente de dimensão. Os han dos fudai daimyo tendiam a ser pequenos e situavam-se no centro do Japão, ao passo que os domínios dos tozama daimyo eram maiores e localizavam-se longe do centro político. Como antigos inimigos dos Tokugawa, Ieyasu não confiava nos tozama daimyo, mas carecia da intenção ou do poder necessário para os destruir. Em troca do reconhecimento do domínio dos Tokugawa a nível nacional, os daimyo mantiveram, em grande medida, a autonomia para governar os seus próprios territórios. Embora este reconhecimento pudesse ser incómodo para alguns deles, tratava-se de um acordo que garantia a sobrevivência das suas famílias.

Durante o período de guerras civis nos séculos XV e XVI, as famílias daimyo encontravam-se sob constante ameaça, tanto de divisões internas como de inimigos externos. Um líder hábil podia expandir a base de poder da sua família, contudo, com frequência, esses ganhos acabavam por se perder devido à ausência de um herdeiro competente. O controlo sobre as terras e as populações podia ser conquistado no campo de batalha, mas não podia ser mantido simplesmente por essa via. Um líder bem-sucedido necessitava de competências tanto políticas como militares. Mesmo após a sua vitória decisiva na Batalha de Sekigahara, os Tokugawa também enfrentaram este perigo. Nas décadas de 1620 e 1630, Iemitsu superou esta ameaça ao pôr em prática um conjunto de políticas que reforçaram significativamente a posição dos Tokugawa e enfraqueceram a das famílias daimyo rivais.

A mais famosa destas medidas foi o «sistema de residência alternada», denominado em japonês sankin kōtai. Segundo este sistema, os daimyo tinham de passar anos alternados nos seus próprios territórios e na cidade de Edo, a sede do governo Tokugawa. As esposas e famílias dos daimyo deviam residir permanentemente em Edo, onde serviam, na prática, como reféns. A prática de manter reféns para garantir a lealdade de aliados e subordinados tinha uma longa tradição no Japão, contudo, este sistema foi formalizado para os tozama daimyo em 1635 e para os fudai daimyo em 1642. Esta foi apenas uma das medidas integradas numa série de éditos designados por Leis das Casas Militares (Buke Shohatto). A primeira destas leis fora promulgada por Ieyasu em 1615, mas Iemitsu promulgou uma versão ampliada em 1635.

O sistema sankin kōtai continuou a funcionar até ao final do período Edo, em 1868, e o seu estabelecimento teve consequências de grande alcance que jamais teriam sido imaginadas pelo seu criador. O sistema acelerou grandemente o desenvolvimento de Edo (a atual Tóquio) enquanto cidade. Ieyasu iniciara a construção de um enorme castelo em Edo no início do século XVII, trabalho este que teve continuidade pelos seus sucessores. Como parte do sistema sankin kōtai, os daimyo necessitavam de construir residências em Edo, erguendo os seus palacetes em terrenos concedidos pelos Tokugawa na zona acidentada em redor do castelo. Esta área era chamada Yama no te («zona alta» ou «colinas») e contrastava com a zona baixa ao longo do rio Sumida, onde vivia o povo comum, conhecida como Shitamachi («cidade baixa»). A população de Edo cresceu rapidamente, uma vez que tanto os Tokugawa como os daimyo necessitavam de inúmeros bens e serviços. No final do século XVII, Edo contava com uma população de cerca de um milhão de habitantes, tornando-se a maior cidade do mundo.

Para facilitar a deslocação dos daimyo dos seus territórios de origem para Edo, foi necessário criar uma boa rede rodoviária. Na primeira metade do século XVII, o governo criou uma rede de estradas denominada Gokaidō («as cinco estradas»). Esta consistia em cinco vias principais que partiam de Edo, ligando a cidade a outras regiões do Japão. A mais importante destas era a Tōkaidō, que acompanhava a costa do Pacífico e ligava Edo a Quioto. Ao longo destas estradas foram construídas estações de correio (ou estalagens) onde os viajantes podiam encontrar alimentação, alojamento e entretenimento. O governo estabeleceu também postos de controlo para garantir que quem utilizava as estradas possuía a documentação necessária e não praticava qualquer ato ilegal. Era por estas vias que os daimyo e os seus retentores se deslocavam nas suas viagens de ida e volta para Edo. Estas chamadas «processões dos daimyo» podiam integrar centenas de pessoas. Os daimyo locais tinham de suportar os custos de construção e manutenção das estradas, tendo muitos deles construído também vias adicionais dentro dos seus próprios territórios para facilitar as deslocações.

Por fim, o sistema sankin kōtai estimulou o crescimento económico. Um dos principais objetivos dos Tokugawa ao obrigar os daimyo a deslocarem-se a Edo era esgotar os seus recursos. Manter uma residência em Edo e movimentar um elevado número de retentores de um lado para o outro exigia somas avultadas de dinheiro. Ao fazer com que os daimyo despendessem estas verbas, os Tokugawa esperavam enfraquecê-los financeiramente. Para os daimyo, existiam duas formas de aumentar os seus rendimentos para suportar esse encargo. Uma consistia em tentar ampliar a sua quota da riqueza gerada no seu território através do aumento de impostos. Contudo, esta opção não se revelou particularmente eficaz, uma vez que os agricultores tinham uma capacidade considerável de resistência. A outra abordagem passava por tentar expandir a produtividade global das suas terras por via do incentivo ao crescimento económico. As condições variavam substancialmente de região para região, mas muitos daimyo incentivaram o desenvolvimento através do desbravamento de novas terras para a agricultura, da melhoria das técnicas de irrigação e cultivo, e da produção de novos bens, tais como algodão, seda, sal, cera e papel. As melhorias nos transportes também facilitaram o desenvolvimento de mercados locais, regionais e nacionais para estes produtos.

Deste modo, o sistema sankin kōtai, embora concebido originalmente apenas como um meio de controlo político, incentivou o crescimento dos transportes e do comércio, a expansão de vilas e cidades e, no limite, a partilha de uma cultura nacional, à medida que pessoas e bens circulavam mais livremente pelo país.

Outra área em que as políticas de Iemitsu tiveram um impacto duradouro na sociedade japonesa esteve relacionada com os éditos que promulgou para restringir os contactos entre o Japão e os países estrangeiros.

As relações com os países do continente asiático desempenharam um papel fundamental no desenvolvimento da tradição cultural japonesa desde os tempos mais remotos. Contudo, no século XVI, novos visitantes oriundos da Europa chegaram ao Japão pela primeira vez. Estes recém-chegados estavam empenhados em promover o comércio e também em divulgar o cristianismo, uma religião até então desconhecida no Japão. Um número considerável de pessoas comuns converteu-se ao cristianismo, assim como alguns daimyo. O cristianismo não era apenas uma religião num sentido espiritual, estando igualmente associado de forma estreita à expansão imperial de países como Espanha e Portugal. Oda Nobunaga (1534-1582) e Toyotomi Hideyoshi (1537-1598), os dois guerreiros que iniciaram o processo de reunificação nacional no final do século XVI, mostravam-se interessados pela cultura europeia, mas nutriam desconfiança em relação à nova religião. Nobunaga, em particular, considerava algumas instituições religiosas como grandes obstáculos às suas tentativas de reunificar o Japão.

Hoje em dia, o budismo é considerado uma religião pacífica, contudo, em épocas históricas, os monges viam frequentemente a necessidade de defender fisicamente os seus templos e mosteiros. Este foi especialmente o caso durante o período de guerras civis, altura em que monges-guerreiros travaram batalhas contra os exércitos pilhadores dos daimyo. O Templo Enryaku-ji, situado no Monte Hiei, no nordeste de Quioto, contava com um exército particularmente numeroso. Em 1571, Nobunaga cercou o templo e destruiu-o, constando que centenas, se não milhares, de monges foram mortos. Em 1580, destruiu igualmente o Templo Ishiyama Hongan-ji (localizado no local da atual cidade de Osaca), após uma guerra que durou dez anos. Diante destas experiências, não surpreende que tanto Nobunaga como Hideyoshi olhassem para uma religião como o cristianismo com desconfiança.

Embora estivesse interessado em comerciar com os europeus, em 1615 Tokugawa Ieyasu proibiu a entrada de missionários cristãos no Japão. Após Iemitsu se tornar xóguna, proibiu o cristianismo na totalidade e deu início a uma perseguição generalizada, na qual muitos cristãos foram torturados antes de serem mortos.

No final da década de 1630, eclodiu uma grande rebelião entre os agricultores em Kyushu. Tudo indica que as causas principais foram de ordem económica, contudo, julgava-se que muitos dos envolvidos eram cristãos. Após reprimir a rebelião com brutalidade, Iemitsu promulgou ordens que restringiam severamente os contactos entre o Japão e os países estrangeiros. Todos os europeus foram proibidos de entrar no Japão, com exceção dos holandeses, cuja presença ficou limitada a um entreposto comercial chamado Dejima, numa ilha no porto de Nagasáqui. Os japoneses que já se encontravam no estrangeiro — e eram muitos, dedicados ao comércio em vários países do Sudeste Asiático — foram proibidos de regressar a casa. Em japonês, estas restrições ao contacto com o exterior são chamadas sakoku, que significa «isolamento nacional». Os historiadores costumavam dar destaque ao impacto negativo que estas políticas tiveram no Japão, mas investigações mais recentes têm enfatizado o facto de o país não ter ficado totalmente isolado. Além do contacto com os holandeses em Nagasáqui, o Japão manteve igualmente relações com a China e a Coreia, bem como com os habitantes das Ilhas Ryukyu (a atual Prefeitura de Okinawa) e com o povo Ainu, numa região que corresponde à atual Prefeitura de Hokkaido, mas que, na altura, se encontrava fora do controlo japonês.

A motivação subjacente às restrições impostas por Iemitsu ao contacto com os países estrangeiros não é totalmente clara. Contudo, afigura-se muito provável que o xóguna receasse que as famílias daimyo rivais pudessem procurar apoio externo para se rebelarem contra os Tokugawa. A este respeito, tanto a política de residência alternada como a de isolamento nacional podem ser vistas como tendo o mesmo objetivo: a preservação do domínio dos Tokugawa. Sob essa perspetiva, ambas as políticas foram bem-sucedidas, uma vez que os Tokugawa conseguiram manter-se no poder até 1868.