Para os incas, como em muitas culturas antigas, a religião era inseparável da política, história e da sociedade em geral. Todos os aspectos da vida comunitária estavam intrinsecamente conectados às crenças religiosas, desde casamentos à agricultura; do governo aos enterros. Acreditava-se que os deuses e os ancestrais influenciavam todos os tipos de sucesso e fracasso na vida.

Manter os deuses e os ancestrais contentes e evitar sua fúria na forma de desastres naturais, como secas e terremotos, era um objetivo importante das práticas religiosas inca. A religião também era uma ferramenta importante para que as elites governantes legitimassem sua posição privilegiada na sociedade, e para difundir a crença da superioridade inca em relação aos súditos de seu império.

A religião inca foi influenciada por tradições andinas, antigas e contemporâneas, especialmente pela civilização Huari e a antiga Tiwanaku. De fato, apesar da religião oficial imposta por Cusco, por todo o império havia diversas comunidades locais que ainda seguiam suas crenças tradicionais, mesmo que também fossem forçadas a aderir aos maiores deuses inca. Uma crença andina que permanecia era a de um certo fundador da comunidade, e sua associação com o lugar donde ele teria emergido da terra, a paqarisqa.

A bem-estabelecida adoração ao Sol, à Lua, às estrelas e aos planetas entre as comunidades antigas era outra crença perpetuada pelos incas. Xamãs, com sua temida habilidade de lançar feitiços e capacidade de adivinhação através da leitura das chamas, das tripas de lhama, e coisas semelhantes, permaneceram figuras importantes no mundo inca. Cusco supostamente possuía 475 deles, sendo yacarca, o conselheiro pessoal do rei, o mais importante. Outra tradição milenar dos andinos perpetuada pelos incas foi a crença em oráculos, com os mais famosos estando em Chavín e Pachacámac.

Para os incas, o mundo foi criado no Lago Titicaca, já há muito tempo considerado sagrado pelos povos andinos, e visitado pelos líderes inca durante as habituais peregrinações. Um dia o deus criador Viracocha Pachayachachic, ou simplesmente Viracocha, criou a raça dos gigantes na sagrada Ilha do Sol, no Lago Titicaca. Percebeu, porém, que eles eram grandes demais para o seu propósito, então criou os humanos em uma escala menor. A primeira raça de humanos irritou Viracocha com seu ambição e arrogância, e, como punição, alguns foram transformados em pedra, outros em terra e elementos da natureza. Ele então enviou uma grande enchente para limpar a terra, salvando apenas três humanos para que eles pudessem recomeçar a raça. Foi também no Lago Titicaca que Viracocha criou o Sol, a Lua e as estrelas. Depois, o deus partiu em viagem disfarçado como mendigo, sendo conhecido como Kon-Tiki, entre muitos outros nomes. Ele fez esculturas em Tiwanaku, fundou Cusco ao guiar o casal Manco Capac e Mama Ocllo até lá, e ensinou ao povo a arte da civilização. Quando chegou à costa, Viracocha misteriosamente caminhou pelo mar em direção ao oeste, prometendo que um dia seus mensageiros retornariam.

Inti era o deus inca mais importante, sendo o deus do Sol e patrono do império e da conquista. Seu morada de abundância era também o destino no pós-vida para aqueles que foram bons neste mundo. O rei ou governante inca era considerado divino e um descendente vivo de Inti, legitimando o direito divino de governar. Uma estátua de ouro de Inti, representado como um pequeno menino sentado, também conhecida como Punchao, era mantida no Templo do Sol, no complexo sagrado de Coricancha (ou Qorikancha), em Cusco. Com raios de luz sendo projetados de sua cabeça e decorada com joias de ouro, o estômago dessa figura era usado como receptáculo para as cinzas dos órgãos vitais dos reis inca anteriores. Todos os dias a estátua era trazida para fora do templo para ser aquecida pelo sol. Após a conquista espanhola, a estátua foi retirada e escondida, não tendo sido encontrada novamente. O ouro que cobria o exterior e interior do Templo do Sol, no total 1.400 quilos, também foi levado pelos invasores europeus. Além de Coricancha, Inti também possuía uma fortaleza-templo dedicado à ele: o complexo Sacsayhuamán, nos arredores de Cusco.

O bem-estar do rei e do império, bem como a garantia de uma boa colheita, estavam inteiramente nas mãos de Inti. O deus era servido por um sumo sacerdote exclusivo, Willac Umu, a mais importante figura religiosa do mundo inca, que era auxiliado por um grupo de jovens sacerdotisas virgens, as acclas, ou acllacunas. Cada uma das grandes cidades inca possuía um templo dedicado ao deus, e uma enorme quantidade de recursos era dedicada a ele. Até mesmo terras e gado eram reservados especialmente para Inti, com uma província inteira próxima ao Lago Titicaca separada para ele. O Coricancha foi além, construindo um campo de milho inteiro com lhamas e ovelhas em tamanho real feitas de ouro, e dedicando-o ao Sol.

Uma das cerimônias mais importantes da adoração de Inti era o festival Inti Raymi, que durava entre oito e nove dias e acontecia em junho, no solstício de inverno, em uma planície nos arredores de Cusco. Eram feitos sacrifícios, oferecidas libações de água e chicha, e toda a nobreza e o sacerdócio participavam em um festival suntuoso de comida e cânticos, que também marcava o início da temporada de arado. Outro importante festival em honra de Inti e Viracocha era o Quaphaq Ucha, no qual todas as cidades do império deveriam enviar uma ou duas crianças de boa aparência (capacochas) para serem sacrificadas na cerimônia em Cusco e na subsequente procissão de peregrinação a vários locais sagrados do mundo inca. A morte das crianças era por estrangulamento ou pela remoção dos corações. Acreditava-se que essa oferta garantia o contínuo bem-estar do líder e de seu povo.

Além de Inti, o sagrado Coricancha também tinha um templo dedicado à deusa da Lua, Mama Kilya, um ao deus criador Viracocha e outro à Illapa, o deus do trovão, sendo este último templo chamado Pukamarka. Mama Kilya era considerada importante, pois governava o calendário cerimonial, enquanto Illapa trazia chuvas e tempestades — o trovão era produzido pela funda que ele empunhava, e os relâmpagos pelo reflexo de suas vestes de prata. Tanto Cuichi, o deus do arco-íris (para os incas, um mau presságio), quanto Chaska Koylur, a personificação de Vênus, tinham seus próprios templos junto aos demais deuses no complexo sagrado de Coricancha.

Entre as divindades menores, embora ainda importantes em seus próprios domínios, estava a deusa da terra Pachamama, em cuja honra agricultores erguiam altares de pedra no centro de seus campos, onde podiam facilmente oferecer sacrifícios na esperança de uma boa colheita. Pachacamac ("Criador da Terra") era celebrado como oráculo e deus criador, especialmente nas províncias. Particularmente associado a terremotos, ele tinha uma cidade-templo inteira construída em sua honra: Pachacamac. Nela, havia um grande ídolo de madeira do deus, o qual peregrinos visitavam para ouvir seus conselhos. Por fim, os povos costeiros tinham Mamacocha ("Mãe dos Lagos e Mares") em alta estima. Esses deuses e outros possuíam mais de 400 altares somente em Cusco.

Os incas eram observadores atentos dos corpos celestes e dominavam seus movimentos e ciclos. Assim, estrelas, constelações e planetas também eram personificados, especialmente as Plêiades (Qullqa), a Via Láctea (Mayu), o Cinturão de Órion e Vênus (Chaska Koylur). De modo geral, parece que todas as criaturas possuíam seu próprio equivalente estelar, que, de alguma maneira, governava e protegia todos os seus espécimes na Terra.

Os deuses inca eram adorados pela construção de templos (wasi) e de lugares sagrados (huacas), onde aconteciam cerimônias, feitas orações e ofertas entregues. Um sacerdócio hierarquizado conduzia tais cerimônias, com seu status dependendo do deus a quem servia. Os deuses eram mantidos satisfeitos e o status quo preservado por meio do sacrifício de bens preciosos e animais, especialmente lhamas (brancas para Inti, castanhas para Viracocha e malhadas para Illapa). Seres humanos, incluindo crianças, também eram sacrificados (mesmo que em menor escala do que em outras culturas das Américas), tipicamente por um golpe na cabeça enquanto estavam sob efeito de álcool, ministrado para que estivessem alegres ao encontrar seu deus pela primeira vez. Essas ofertas mais radicais eram normalmente reservadas para períodos de grande atrito, como secas prolongadas, eclipses solares, ou uma morte na realeza. Sacrifícios humanos também aconteciam após vitórias na guerra, sendo oferecidos nos muitos altares sagrados nos topos de altas montanhas, os quais existiam por todo o império.

Os inca acreditavam que deuses, espíritos e ancestrais já há muito falecidos podiam se manifestar na forma de elementos naturais, como picos de montanhas (apu), rios, fontes, cavernas, afloramentos rochosos, e mesmo pedras com formato peculiar. Esses lugares eram, algumas vezes, modificados para acentuar as características incomuns, e tratados como altares com poderes especiais para influenciar a realidade. Eles eram conhecidos como huacas (wak'a), e, no caso de pedras, eram levados para serem protegidos em palácios e tumbas e, em certas ocasiões, até transportados em expedições militares. As pessoas deixavam oferendas nas huacas, especialmente conchas, tecidos, coca, bens preciosos e estátuas de argila, além de oferecerem sacrifícios, normalmente de lhamas ou porquinhos-da-índia.

Huacas também podiam ser lugares utilizados para observação astronômica. Talvez a mais famosa seja o "posto onde se amarra o sol" (intihuatana) no ponto mais alto de Machu Picchu, o qual era usada para conectar simbolicamente o sol e a terra com uma corda especial a cada solstício. O mais importante posto de observação, no entanto, era usnu, uma plataforma elevada em uma praça de Cusco. Ele tinha um pilar de pedra usado para observações astronômicas e um trono adamantino do qual o rei inca assistia aos festivais religiosos. Todos esses lugares sagrados (cerca de 328) eram conectados à Cusco, o centro do mundo inca, por 41 linhas conhecidas como as ceque (zeq'e), as quais podiam ser trilhas físicas ou linhas de visão, criando uma rede sagrada imaginária com Cusco em seu núcleo.

As gerações mais velhas (ayllu) nunca eram esquecidas na sociedade inca, e as tumbas eram reabertas em determinados períodos para que as pessoas pudessem fazer novas oferendas aos falecidos. Essas oferendas podiam ser de bens preciosos e comida, e, algumas vezes, canais eram construídos para que se pudessem realizar libações sobre o túmulo sem de outra maneira perturbá-lo. Indivíduos particularmente importantes que haviam morrido poderiam ser representados na comunidade através de estátuas. Em especial, o fundador da comunidade, cujo ídolo era o objeto mais poderoso naquele local. De fato, os incas se aproveitavam dessa tradição, frequentemente sequestrando ídolos das comunidades conquistadas e os mantendo como reféns em Cusco para garantir a obediência dos derrotados.

Os corpos de membros importantes da comunidade eram frequentemente mumificados, principalmente por processos que envolviam dessecação e álcool, depois envoltos em tecidos e amarrados com cordas em uma posição fetal. As múmias eram então depositadas em túmulos, em câmaras especiais num mausoléu comunitário, ou em cavernas sagradas (machay), as mais famosas nas terras altas de Cajatambo, onde mais de 1.800 múmias foram encontradas pelos espanhóis.

O confinamento não costumava ser permanente, e as múmias eram ocasionalmente trazidas de suas tumbas para que pudessem participar de eventos importantes da comunidade, como casamentos ou colheitas. A mais famosa participação dos ancestrais falecidos na vida dos vivos era o papel das múmias de antigos líderes, os mallquis. Esses eram mimados durante cerimônias importantes em Cusco, vestidos em roupas finas e até alimentados ritualmente. Suas opiniões eram "consultadas" por sacerdotes e servos dedicados (mallquipavillac) quando decisões importantes precisavam ser tomadas, e eles eram tidos como convidados de honra no festival Inti Raymi.

É interessante notar que, após a queda dos incas, sua religião estatal e, em particular, o culto ao Sol rapidamente foram abandonadas pelas comunidades fora de Cusco, as quais já há muito tempo preferiam a Lua como sua divindade principal. Os templos construídos pelos incas e as terras separadas para Inti foram abandonados como lugares sagrados e colocados para outros usos. O povo abandonou o calendário solar e retornou às suas tradicionais práticas de adoração aos seus próprios deuses, lugares sagrados e ancestrais. As crenças locais andinas se provaram resilientes mas, de certo modo, alguns elementos únicos da religião inca também, já que em um renascimento no final do século XX, após três séculos de dominação Católica, muitas das cerimônias inca e tradições, especialmente o festival Inti Raymi e as peregrinações às montanhas, foram revividas e continuam a ser realizadas anualmente no Peru atual.