Le domaine de la santé publique fut transformé par l’arrivée de la vaccination, du mot latin "vacca" qui signifie vache, afin de protéger la population des maladies infectieuses. Il était de notoriété publique qu’être exposé à des maladies infectieuses et y survivre procurait une immunité naturelle contre de futures éclosions d’épidémies. Edward Jenner, Louis Pasteur et Gaston Ramon furent des pionniers de l’utilisation des vaccins, et leur travail garantit l’endiguement de nombreuses maladies les plus meurtrières au monde.

Le système immunitaire est un mécanisme de défense du corps humain contre les maladies bactériennes et virales. Le système immunitaire permet d’identifier les caractéristiques spécifiques d’une maladie, appelées antigènes. Les anticorps sont produits afin de cibler les agents infectieux, puis les cellules T sont envoyées pour tuer l’infection. Le système immunitaire garde également en mémoire les précédentes infections pour se protéger de celles futures. Les vaccins contribuent à entraîner le système immunitaire à réagir efficacement contre une infection, et ainsi à réduire la sévérité de la maladie. Ces nouvelles protections contre les maladies létales ont permis de réduire grandement les taux de mortalité infantile, d’augmenter l’espérance de vie et de contribuer à l’éradication de la variole (la première tentative couronnée de succès pour débarrasser l’humanité d’une maladie infectieuse et létale qui, par le passé, avait emporté près de 30 % des personnes atteintes).

Les premières tentatives connues de vaccination furent recensées en Chine, et probablement mises au point par un moine bouddhiste aux alentours de 1000 après Jésus-Christ Au milieu du XVIe siècle, alors qu'ils progressaient vers l’Ouest en direction de l’Empire ottoman, les premiers rapports décrivent des expérimentations faites sur la variole, qui avait tué la moitié de ceux qui avaient été infectés. Au cours de ces procédures initiales, les croûtes de variole prélevées sur une personne infectée étaient séchées et réduites en poudre, puis insufflées dans les narines ou appliquées sur des égratignures faites sur la peau d'une autre personne. On parlait alors de variolisation ou d’inoculation. Des tentatives eurent également lieu en Inde et en Afrique.

En mars 1718, alors qu’elle quittait Constantinople, Lady Mary Wortley Montagu (1689-1762), qui était mariée à l’ambassadeur anglais de l’Empire ottoman, Edward Wortley Montagu, s’arrangea pour que son fils et sa fille se fassent inoculer la variole. Cette pratique nécessitait de la matière vivante du virus de la variole et était communément employée comme médecine traditionnelle. Le frère de Lady Mary était décédé de la variole et elle y avait survécu, bien que cela lui eût laissé d’importantes cicatrices. Aucun de ses enfants ne contracta la variole suite à l’inoculation.

L'accumulation de preuves en faveur de la vaccination, démontra qu’il était préférable que la maladie soit inoculée à une personne, sous la surveillance d’un médecin, plutôt que la personne ne la contracte naturellement. En 1721, la pratique de l’inoculation s’était répandue en Europe. Toutefois, les tentatives initiales causèrent non seulement des éclosions d’épidémies, mais également la mort de 2-3 % de ceux qui avaient été inoculés. Néanmoins, lorsque le virus était injecté en plus petites quantités chez des enfants, ces derniers faisaient l’expérience de cas plus bénins, qui menaient rarement à la mort. Les enfants vaccinés se rétablissaient en général plus rapidement et développaient une immunité durable contre la maladie.

De l’autre côté de l’Atlantique, il y eut des tentatives similaires d’inoculation sur la population pour lutter contre une épidémie de variole. Cotton Mather (1663-1728) réussit l’inoculation de la variole sur son fils ainsi que sur deux esclaves pendant une éclosion d’épidémie en avril 1721. Les tentatives de Mahter pour promouvoir l’inoculation auprès des meilleurs médecins de Boston furent balayées d’un revers de main, excepté pour Zabdiel Boylston (1676-1766), qui fit non seulement inoculer son propre fils, mais également un esclave et son fils. Après quelques semaines d’épidémie bénigne, Zabdiel Boylston inocula la variole à son fils aîné et à sept autres Bostoniens. En dépit de ses succès, la pratique de Zabdiel Boylston était encore méprisée et considérée comme ridicule puisque quelques patients inoculés moururent alors que d’autres transmirent la maladie à des personnes non atteintes. Des objections religieuses apparurent pour revendiquer que la variole était une juste punition envoyée par le Seigneur en réaction à l’immoralité des gens. L’inoculation fut également considérée comme un acte non scientifique et présentée comme un remède de bonne femme. Néanmoins, l’opposition diminua doucement à mesure que les chiffres commencèrent à indiquer une baisse du taux de mortalité parmi les personnes inoculées par opposition à celles qui ne l’étaient pas. Alors que les docteurs ne pouvaient pas encore prouver scientifiquement pourquoi l’inoculation fonctionnait, ses effets étaient palpables. Au cours des premières années de la révolution américaine, les chiffres positifs convainquirent George Washington qui exigea d’inoculer la variole à toutes ses troupes.

Un médecin anglais, Edward Jenner (1749-1823), croyait qu’être infecté par la variole bovine (une maladie transmise par le bétail) offrait une protection contre la variole. Edward Jenner observa que des trayeuses, à qui avaient été diagnostiqué la variole bovine suite à la traite de ces dernières, n’avaient pas contracté la variole. Le 14 mai 1796, Jenner effectua sa première tentative de vaccination sur James Phipps (1788-1853), un enfant de 8 ans, en utilisant du pus provenant de la variole bovine. James contracta la variole de la vache, mais guérit rapidement. Edward Jenner tenta l’expérience une seconde fois, mais utilisa cette fois-ci la variole. James ne fut pas atteint de la variole, et ce, même des mois après sa vaccination. Des inoculations sur d’autres personnes suivirent, ce qui prouva la théorie de Jenner.

La rage était un véritable fléau en Europe. Les animaux de la forêt enragés mordaient les chiens et le bétail. Puis les chiens infectés mordaient les humains, ou les personnes mangeaient la viande du bétail infecté. En 1885, après avoir spéculé que les êtres humains contractaient la rage suite à des morsures de chien, Louis Pasteur (1822-1895), un biologiste français, inocula la rage à un jeune homme mordu par un chien enragé. Le biologiste injecta au garçon une forme affaiblie ou atténuée du virus de la rage, ce qui évita à ce dernier de développer la maladie.

Plus tard au cours du XIXe siècle, des scientifiques firent la découverte des anticorps, qui jouent un rôle décisif dans le système immunitaire du corps humain en s’accrochant aux virus et en les rendant inactifs. Ces efforts marquèrent le début de l’ère des antitoxines, produites en assez grande quantité pour offrir une certaine protection aux patients, le temps que leur organisme ne produise des anticorps en quantité suffisante. La production d’antitoxines fut initialement atteinte en infectant de nombreux mammifères avec le virus, qui créèrent une quantité importante d’anticorps, que les scientifiques recueillirent et purifièrent avant de les injecter dans le corps des patients qui présentaient les signes d’une maladie similaire. La méthode utilisée n’étant pas toujours sûre, les États-Unis créèrent la Food and Drug Administration pour réglementer la fabrication de médicaments et réduire au minimum les risques pour les patients.

Le développement du microscope électronique dans les années 1930 permit aux médecins ainsi qu’aux scientifiques d’examiner les virus spécifiques qui touchaient la population. La méthode consistant à "attendre de voir" pour observer le développement de la maladie sur les patients infectés ou sur les animaux de laboratoire prit fin. Des vaccins pouvaient maintenant être produits beaucoup plus rapidement.

Toutes ces avancées en matière de connaissances et de technologies permirent d’étendre la compréhension et l’efficacité des vaccins au-delà de la protection contre la variole, ce qui conduisit finalement à l’adoption mondiale de vaccins contre toute une série de virus infectieux et mortels:

À la fin des années 1940, la production de vaccins était suffisante pour tenter d’éradiquer des maladies à l’échelle mondiale. La plus célèbre de ces initiatives fut la lutte contre la variole, lancée en 1967. Cette maladie touchait environ 10 à 15 millions de personnes, ​t​uant ​jusqu'à 30 %​ des personnes atteintes. En 1980, l’Organisation mondiale de la Santé annonça enfin l’extinction de la variole, la seule maladie infectieuse éliminée de la population humaine jusqu’à ce jour.

L'objectif de développer une "immunité collective" fut au cœur des efforts de vaccination. Si un grand pourcentage de la population est vaccinée contre un virus précis, l'immunité collective ralentit la propagation et procure une protection aux individus qui ne peuvent pas se faire vacciner à cause de problèmes de santé ou qui ne se sont pas fait vacciner. Un avantage majeur de l’efficacité de l’immunité collective réside dans l’incapacité du virus à se répliquer, et finit ainsi par disparaître, mettant définitivement fin à la menace de maladie et de décès au sein de la population touchée.

Toutes les initiatives ne furent pas couronnées de succès comme la campagne contre la variole. Dans les pays en voie de développement, de nombreux enfants ne sont pas encore vaccinés. Le problème qui reste en suspens n’est pas relatif au manque de vaccins; dans beaucoup de cas, les pays les plus pauvres ne peuvent pas se permettre d’acheter les doses nécessaires. La Fondation Bill & Melinda , ainsi que d’autres entités mondiales, ont créé l’alliance mondiale pour les vaccins et l’immunisation, en 2000, afin d'encourager les fabricants à réduire les prix des médicaments. Ces mesures ont permis de réduire les taux de mortalité, mais elles ne suffisent pas encore à éradiquer complètement la maladie.

Depuis les tout débuts, de nombreuses controverses entourent les campagnes de vaccination. Le 28 février 1998, le journal médical britannique The Lancet a publié un article coécrit avec Andrew Wakefield qui affirmait l’existence d’un lien entre le vaccin rougeole-oreillons-rubéole et l’autisme. Des actions à l’échelle mondiale ont ensuite été lancées afin de vérifier l’authenticité des découvertes d’Andrew Wakefield, mais le lien n'a pas pu être confirmé. Par la suite, on a réalisé qu’Andrew Wakefield avait manipulé les résultats de l’étude, et The Lancet a retiré son article en 2010. Wakefield s'est vu retirer son autorisation d'exercer la médecine, et a été soumis au mépris du public et à la condamnation de ses pairs.

Néanmoins, des inquiétudes au sujet de la vaccination persistent jusqu'à nos jours à cause d'une mauvaise presse. L’opposition religieuse et les conflits tribaux ont entravé les initiatives menées contre la poliomyélite au Nigeria, au Pakistan et en Afghanistan, menaçant parfois la sécurité et le bien-être des vaccinateurs. Aux États-Unis, de nombreux États ont autorisé des dérogations à la vaccination pour motifs religieux, médicaux ou préférences personnelles, ce qui a quelquefois entraîné de petits foyers de maladies que l'on croyait éradiquées par le passé, comme l’épidémie de rougeole en 2024.

La vaccination contre des virus mortels est devenu un pilier des mesures actuelles de santé publique pour sauver la vie de personnes et réduire les répercussions de la maladie sur la population humaine. Beaucoup des mesures de santé publique, particulièrement la vaccination, sont devenues obligatoires dans plusieurs nations. Les vaccins permettent d’éviter la mort de trois millions d’enfants chaque année, bien que deux millions d’enfants meurent encore de maladies qui auraient pu être évitées grâce aux vaccins. En outre, les campagnes de vaccination participent à diminuer le coût des frais médicaux, à augmenter la productivité en réduisant le nombre de jours d'arrêt de travail pour cause de maladie, et à étendre l’immunité collective à la communauté au sens large, ce qui inclut les personnes qui ne peuvent pas recevoir de vaccin pour cause d’allergies ou de problèmes de santé. L’avenir des vaccins semble assuré malgré une certaine forme de résistance. Les sciences médicales offrent déjà des vaccins sans aiguille, administrés sous forme de patchs ou spray nasaux afin d’améliorer le confort et l’accessibilité. Les recherches pour des vaccins universels capables de cibler des virus à souches multiples, tels que la grippe, sont bien avancées. Enfin, dans le domaine des maladies émergentes, de nouveaux types de vaccins, tels que les vaccins à ARNm et ceux développés à l'aide de l'IA, sont actuellement utilisés pour mieux relever les défis actuels et futurs.