Con el término del periodo Yayoi, en cuyo transcurso llegaron desde el continente asiático técnicas de agricultura y metalurgia, tuvo lugar el periodo Kofun (en torno a 250 - 538 después de Cristo). En esta época surgió la religión sintoísta a partir de las creencias de épocas anteriores y el clan Yamato ascendió al poder hasta convertirse en la familia imperial. El periodo recibe su nombre del estilo de túmulos funerarios empleados en esa época.

Este periodo se caracteriza por el uso de túmulos funerarios erigidos para la élite, los cuales varían en tamaño y forma, desde redondos o cuadrados hasta otros con forma de cerradura con una extensión de cientos de metros. Las primeras tumbas eran sencillas; contaban con el ataúd enterrado en la cima del túmulo o dentro de una cámara de piedra. Años más tarde y según el estatus, también se enterraban ajuares funerarios en la tumba, como armas, baratijas u otros objetos personales. A las personas de mayor poder se les creaba un túmulo aparte, exclusivamente para enterrar varios objetos. Los primeros túmulos funerarios se construyeron a partir de colinas naturales; sin embargo, para el siglo V, cada vez eran más los túmulos construidos sobre terreno llano junto a una fosa. A finales del periodo Kofun, los túmulos funerarios se hicieron más pequeños y su uso se extendió entre las personas de menor estatus, formando cementerios con grupos de túmulos de 15 metros. Los primeros kofun se encontraron en el centro de Honshu, en torno a las actuales prefecturas de Kioto, Nara y Osaka. Estos cementerios datan de los primeros años del siglo IV, aunque más tarde se extenderían a Kyushu, una isla al sur de Japón, y a las zonas norte y este de Honshu en la segunda mitad del siglo. Los túmulos presentan características distintivas según el estatus y la región.

Uno de los avances más impresionantes en la cerámica del periodo Kofun fue la aparición de los haniwa, esculturas funerarias que representaban caballos decorados, guerreros con armadura, nobles bien vestidos, campesinos y bailarines. Por lo general, estas esculturas se colocaban dentro de túmulos funerarios y tumbas como símbolo de ofrenda.

Los objetos de cerámica destinados al uso cotidiano se producían al estilo Sue, lo cual representó una gran mejora en comparación con los estilos anteriores utilizados en los periodos Yayoi y Jomon, ya que se fabricaban con arcilla de color azul verdoso, se moldeaban en un torno de alfarero y se cocían en un horno a temperaturas de entre 1.000 y 1.200 grados, la misma temperatura a la que se cuece la cerámica moderna.

La tecnología utilizada durante este periodo es la misma que la del periodo anterior en gran medida, pero, a partir de esta época, se convirtió en una materia más especializada. Se comenzaron a construir arrozales a mayor altitud, los sistemas de riego se volvieron más complejos, la metalurgia del hierro se generalizó y se volvió más intrincada. El hierro sustituyó al bronce como metal preferido para herramientas y armas, ya que el estaño necesario para el bronce ya era difícil de conseguir y, en ese periodo, se había vuelto aún más escaso. En cambio, el hierro era abundante y con el tiempo se convertiría en el acero, un material más resistente que se utilizó en épocas posteriores.

Aunque el sintoísmo surge durante este periodo, su desarrollo tiene sus raíces en épocas anteriores, como la Yayoi, cuando se comenzó a practicar el culto a los dioses. La palabra sintoísmo se traduce como «el camino de los dioses» y se centra en la realización diligente de rituales para mantener un estilo de vida adecuado, así como una conexión con los dioses, o kami, como se les llama en japonés. Los kami son dioses o espíritus que encarnan fuerzas naturales como el mar, el sol, el viento, las tormentas y la luna, así como fenómenos como la guerra o el inframundo. Aunque la mayoría se asociaba con la naturaleza, algunos eran personas, vivas o muertas, o incluso objetos, siempre que tuvieran las cualidades adecuadas, como emperadores, guerreros u otras figuras destacadas. Al principio, no se necesitaban edificios especiales, como templos o santuarios, para adorar a los kami, y cualquier oración o acto de adoración se realizaba al aire libre o en lugares sagrados, como los bosques, por cualquier persona que lo deseara. Fue más tarde cuando los kami comenzaron a ser adorados en templos y santuarios dedicados por los jefes de clan o los sacerdotes. Estos santuarios sintoístas solían estar marcados por una puerta torii. No se creía que los kami vivieran en el santuario, el templo o el lugar sagrado que se les dedicaba; más bien, se pensaba que visitaban estos lugares y se manifestaban en una estatua o figura que los representaba.

Antes de que los Yamato llegaran al poder, los clanes se enfrentaron entre sí por el poder. Se convertían en rivales y también formaban alianzas, utilizando diversas tácticas para intentar alcanzar sus objetivos, pero ningún clan ni grupo de clanes lograba alcanzar el mismo nivel de poder. Durante el siglo V después de Cristo, una familia de clanes ascendería al dominio sobre las islas japonesas de Honshu y Kyushu. La sede original del poder de este clan se encontraba en las actuales prefecturas de Kioto, Nara y Osaka. Cada uno de los clanes estaba gobernado por un anciano que realizaba ceremonias para honrar y apaciguar a los kami, así como para garantizar el bienestar del clan y su dominio continuo. Los miembros del clan pertenecían a la aristocracia, la cual, al final de este periodo, se alzaría y daría origen a la familia imperial.

Gracias a las alianzas con otros clanes, tribus y confederaciones, a la mayor demanda del hierro y a la capacidad de organizar a su pueblo de manera eficaz, los Yamato se convirtieron en una potencia militar. Aunque era sabido que los Yamato tenían la supremacía militar durante ese periodo, intentaban evitar la guerra siempre que podían y, en su lugar, buscaban formar alianzas con otros clanes, ofreciéndoles un lugar en el sistema político o, cuando eso fallaba, recurriendo a amenazas y obligaban a los demás clanes a aceptar un acuerdo. Los principales clanes que apoyaban a los Yamato, como los Soga, Mononobe, Nakatomi, Kasuga, Ki, Otomo y Haji, se denominaban uji y se clasificaban o titulaban según su grado de parentesco o servicio. Por debajo de los uji se encontraban los grupos be, que eran grupos ocupacionales formados por fabricantes de papel, escribas y herreros, entre otras profesiones. Entre los uji y los be se incluían algunos inmigrantes de China y Corea que poseían habilidades en profesiones muy demandadas, como la metalurgia o la fabricación de papel. En la base de la jerarquía se encontraba el grupo de los esclavos, cuyos miembros eran prisioneros de guerra o personas que habían nacido en esa condición.

Se cree que los clanes Yamato de Japón establecieron relaciones diplomáticas con el reino de Baekje en Corea en el año 366 después de Cristo y contaban con un puesto avanzado en el sur, que gobernaron hasta que fueron expulsados por el reino de Silla en el año 562 después de Cristo Según algunos registros chinos, entre los años 413 y 478 después de Cristo, cinco reyes japoneses enviaron nueve embajadores con tributos a China para obtener apoyo en la península coreana. Mientras que China recibiría tributos de Japón a través de Corea, el propio Japón recibiría inmigrantes de China y Corea que traerían consigo sus habilidades y conocimientos, los cuales los japoneses atesoraban para seguir mejorando su cultura.

Al final de este periodo, los Yamato habían aumentado su poder y se habían convertido en la Casa Imperial de Japón; los contactos con China y Corea se habían intensificado, y el sintoísmo había hecho su aparición. La transición al siguiente periodo, el periodo Asuka (538-710 después de Cristo), estuvo marcada por la introducción del budismo, la adopción de los caracteres chinos como sistema de escritura (ya que los nativos japoneses no contaban con un sistema de escritura propio) y la adopción de muchos otros aspectos de la sociedad china, pues consideraban que los chinos eran civilizados y avanzados, y deseaban ser percibidos de la misma manera.